Уйгуры владеют огромными знаниями в области традиционной медицины и медицинской практики. Источники китайской династии Сонг (906-960 гг.) указывает на то, что один уйгурский врач по имени Нанто прибыл в Китай и привез с собой множество лекарств, неизвестных китайцам. Около 103 разных трав, которые были использованы в уйгурской медицине, в своем медицинском сборнике записал Ли Шижен (1518-1593). Татарский ученый, профессор Решит Рахмети Арат в своей работе «Zur Heilkunde der Uighuren» (Медицинская практика Уйгуров), опубликованная в 1930 и 1932 гг. в Берлине, обсуждает особенности уйгурской медицины. Основываясь на рассказе человека, описывавшего иглоукалывание, он и несколько других западных ученных предполагают, что иглоукалывание было открыто уйгурскими врачами, а не как предполагалось китайскими.

На сегодняшний день традиционную уйгурскую медицинскую практику можно найти в уличных ларьках. Как и в любой другой традиционной медицине, диагноз обычно ставится путем проверки пульса, симптомов и истории болезни, а затем врач толчет разные высушенные травы, готовя персональное лекарство согласно рецепту. Современные уйгурские медицинские центры приспособлены к современной западной медицине, а также к западным фармацевтическим технологиям для производства новых и традиционных лекарственных средств.