При задержании уйгуры регулярно подвергались пыткам. Доктор Манфред Новак, специальный докладчик ООН по вопросам пыткам, заявил, что «в Китае до сих пор широко используются пытки» и группы включая уйгуров и тибетцев «в большей степени становятся жертвами пыток». Новак сделал такой вывод посещения такого исправительного центра для заключенных в Восточном Туркестане, Тибете и Пекине. В официальном отчете ООН говорится о том, что в течение многих лет китайские власти кроме таких пыток, как лишение сна, погружение в воду, расчленение, в тюрьмах к заключенным также применяется дубинки с электрошоком, кнуты, мешки на голову, повязки на глаза, иглы, и раскаленное масло. Также согласно некоторым источникам, начиная с 2000 года, почти 190 уйгуров погибли в результате пыток в китайских тюрьмах в Восточном Туркестане. В числе них был Абдулмежит Абдухалил, лидер илийской демонстрации, 5 февраля 1997 года. 17 октября 2000 он был до смерти замучен в пытках.