Уровень здравоохранения в Восточном Туркестане для уйгуров находится в плачевном состоянии. В большинстве имеющихся  больниц нет операционные столов, гинекологического оборудования или дезинфицирующих средств. В лучшем случае есть  некоторые антибиотики или противотуберкулезные препараты. Почти все врачи, работающие в больницах в Восточном Туркестане, китайцы, не говорящие на уйгурском языке. Поэтому они не могут общаться с пациентами-уйгурами,  которые в свою очередь, с трудом могут объяснить свои проблемы. В последние годы, холера, проказа, гепатит, СПИД и стали обычными медицинскими проблемами.

Китайские ядерные испытания в Восточном Туркестане, проводившиеся в течение последних трех десятилетий, вызволи экологическую катастрофу, что привело к загрязнению питьевой воды и продовольствия, заражению домашнего скота и ставят под угрозу человеческую жизнь. По разным данным,  последствия ядерных испытаний Восточном Туркестане вызывают отклонения у новорожденных. К сожалению, в загрязненных районах, граничащих с ядерным полигоном, до сих пор не получают даже элементарной медицинской помощи. Медицинские исследования населения после ядерных испытаний в Восточном Туркестане не были проведены до сих пор.