Согласно отчету международной организации «Амнести Интернейшэнл», только в 1997 году, более 100000 уйгуров были арестованы по всей стране. Так же в отчете было отмечено, что с января по июнь 1998 года сотни уйгуров были задержаны по подозрению в подготовке «сепаратистской» деятельности. Согласно «Амнести Интернейшэнл» китайские власти арестовали более 3000 уйгуров после 11 сентября 2001 года. Информационное агентство «Рейтер», ссылаясь на «Синьцзян Дэйли» от 21 января 2006 года, утверждает о том, что только 2005 году было арестовано 18000 уйгуров по обвинению в «сепаратизме», «религиозном экстремизме», а также «терроризме». По неофициальным данным, количество арестованных людей в Восточном Туркестане порядком выше. Из одного источника стало известно, что более 5000 уйгуров было арестовано после беспорядков 5-6 июля 2009 года в городе Урумчи.